黑山头遗址在石碑地西2公里的海岬上。海拔19米，南面海中有双礁对峙，俗称龙门礁。夯土建筑基址平面呈曲尺形，南北长50米，东西宽45米。主体建筑在东、南临海一侧，从残存的空心砖踏步、自然石柱础、长方形夯土台基等分析，应为高台建筑基址。北侧相连的附属建筑，经发掘，东西分为5个单元，每个单元分出若干小间。4个间内置有瓦圈式的井窑。

　　遗址现存建筑遗迹可分为三组：第一组由南端的两座大型建筑基址及二者中间的院落组成；第二组由中部的一排呈东西向的院落、房址及廊道组成。该组建筑结构复杂，以中间廊道为界，又可分为东、西两区。东区由3个院落、1个房址和1条廊道组成。西区分为3个形制相同的建筑单元。每单元内有2座房址、3个院落；第三组由位于北部的院落组成。

　　遗址所出的遗物均为建筑构件，有板瓦、筒瓦、瓦当、空心砖踏步、井圈等。除未见夔纹大瓦当外，其它建筑构件与石碑地遗址秦代建筑出土者完全相同。黑山头遗址所揭露来的各个建筑遗迹之间没有叠压打破的现象，亦没有发现后来修补的痕迹，整个建筑布局整齐规整。出土遗物的特征较为一致，应该是一处营建之前经过精心设计一次性完成的大型建筑群体。从其设计理念、建筑布局、技法以及建筑材料来看，与石碑地遗址秦代遗存具有明显的同一性，因此可断定该遗址与石碑地秦代遗存同属一时代，当属秦行宫遗址的重要组成部分。